Aggira il problema... allo scadere del termine setta una variabile da testare nella funzione...
codice:
<script>
var ok=true;
window.setTimeout('ok=false',5000);
window.setTimeout('window.alert("Tempo quasi scaduto ")',3000); 

function x() {
  if (ok) {
    // ...
  }
}
</script>
ciao