Io ho una situazione analoga sul mio pc.
Se mi serve apache da dos blocco iis con iisreset /stop e lancio apache.
Oppure ho un altro pc dove faccio lavorare iis sulla porta 81 e apache sulla porta 80.
Da pannello di controllo se vai su strumenti di amministrazione e iis, nelle proprietà del sito web c'è un campo porta tcp, se li inserisci 81 oppure una porta che vuoi tu, allora per entrare nel sito dovrai mettere indirizzo:81.
Così lavori su iis e apache senza dover chiudere niente.