bah, pare strano, in ogni caso meglio non fidarsi mai di Dreamweaver e scrivere il codice di proprio pugno senza far fare cose automatiche al programma.

Una soluzione ci sarebbe e non è neanche stupida...almeno credo:
Come ti ho detto creare una funzione a se per il menu è una cosa intelligente per diversi motivi, ma soprattutto per non sparpagliare lo stesso codice a destra e a manca nel sito. Dato che hai già costruito la funzione, si potrebbe passare un parametro in più che dice alla funzione quanto è distante (in cartelle) la pagina dalla root del sito, di modo da aggiungere (concatenare) prima dell'url richiesto un tot di stringhe "../" pari alla profondità della pagina, passato come parametro (basta un banale ciclo for). Ora nell'array di stringhe potrai scrivere solo gli url relativi alla root del sito?

Provo a chiarire con un esempio:
Chiamo con menu la funzione che lavora sul menu.

Supponiamo che tu abbia una pagina nella cartella di root. Chiamerai la funzione menu passandogli il parametro di profondità con il valore 0, tipo: menu(0);

Se tu avessi una pagina in una cartella della root, chiamerai la funzione con il parametro di profondità pari a 1: menu(1)

Il resto vien da sè...ti convince?