filezilla lo uso anche io e dà la possibilità di cambiare i permessi semplicemente con un click. tu che procedimento usi?
devi cliccare sul file [ nella finestra dove si presentano i file remoti ] e scegliere la voce attributi file... e così puoi semplicemente modificare i permessi.
diversamente lo puoi fare da script usando la funzione chmod()
ci sono comunque diversi metodi per impostare i permessi, prova a fare una ricerca sul forum.
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