filezilla lo uso anche io e dà la possibilità di cambiare i permessi semplicemente con un click. tu che procedimento usi?
devi cliccare sul file [ nella finestra dove si presentano i file remoti ] e scegliere la voce attributi file... e così puoi semplicemente modificare i permessi.

diversamente lo puoi fare da script usando la funzione chmod()

ci sono comunque diversi metodi per impostare i permessi, prova a fare una ricerca sul forum.