solo dalla stessa pagina che le ha aperte...
codice:
var pop1;
var pop2;
function apri() {
pop1 = window.open("pagina1.htm");
pop2 = window.open("pagina2.htm");
}

// controllo
if (!(pop1 && !pop1.closed) && !(pop2 && !pop2.closed)) {
  alert("nessuna popup aperta")
}
ciao