dipende dal tipo di programma... se i dati andranno su file, saranno comunque editabili (bisogna solo vedere quanto facilmente) altrimenti potresti optare per qualcosa che si appoggi ad un database.

Per quanto riguarda la prima soluzione, con file, puoi procedere in diversi modi: salvando i valori dei parametri in un file di testo opportuno oppure via serializzazione degli oggetti stessi.

Se fai una ricerca sul forum (a proposito di lettura/scrittura di file in java o di serialize) dovresti trovare qualcosa. Visita anche il sito di java

http://www.java.sun.com