come dovrei metterlO??
Come vuoi.

Puoi metterlo dentro uno <script> (della head o del body), oppure puoi inserirlo in una funzione da chiamare con un evento a tua scelta.
Puoi anche inserirlo in una eventuale funzione che deve aprire la popup, facendo arrivre l'alert solo quando serve. Il window.open() che ho inserito io puoi sostituirlo con il tuo (facendo attenzione a definire la variabile che io ho chiamato win prima e testandola poi).