se non ho capito male vorresti eliminare una voce ancora presente tra le applicazioni installate, anche se in realtà hai già cancellato il programam (manualmente) dal PC.

Devi usare un tool apposito.
A me piace jv16 PowerTools la cui ultima versione freeware si può scaricare qui. Oltre ad eliminare le voci dal menù disinstallazione ti elimina le chiavi di registro "orfane".

Altrimenti qualcosa di simile lo fa anche Spybot Search&Destroy però devi:
1) abilitare la modalità avanzata
2) cercare su utilità\info disinstallazione