Sto portando tutto quello che posso in UTF-8 e se devo cominciare un lavoro da 0 valuto subito se usare UTF-8.

Non c'è alcun problema da parte dei motori, anzi, se guarderai bene noterai che tutti i motori e la maggior parte delle directory (intese come directory di un certo tipo, non quelle fai da te) usano la codifica UTF-8.