più che una questione software mi sembra un problema hardware.
si tratta di un portatile?!?

se non si tratta di un portatile puoi provare ad aprire il computer (tanto se ha 98 di sicuro non è in garanzia ) e controllare se il cavo che va al lettore e sicuramente anche all'hard disk è collegato bene sulla scheda madre.
verificato questo puoi entrare nel bios e vedere se da la ti vede tutte le periferiche correttamente.

intanto se ci dai queste info già si capisce meglio il problema