luke83 ricapitoliamo un pò la situazione.

1) apro il file scarica.php?id=nomefile

<html>
<body>

<?php

$id = $HTTP_GET_VARS['id'];
$id .= ".pdf";

$url = "http://www.server.it/";

$nomefile = "$url$id";

$fp = fopen ($nomefile, "r");

$tmp_file = "fatture/";
$tmp_file .= "$id";

$tmp = fopen ($tmp_file, "w"); // creo file temporaneo
while (!feof($fp)) {
$buffer = fread($fp, 128);
fwrite($tmp, $buffer);
}
fclose($fp);

echo"<script>window.open($id,'_blank')</script>";
echo"<script>history.go(-1)</script>";
?>
</body>
</html>

Cosa mi serve:

a) dal punto 1) segue che mi viene aperto il file PDF in un'altra pagina ma voglio che mi venga cancellato il file PDF dopo l'apertura o comunque alla chiusura della nuova pagina.
Quindi ti chiedo: l'unlink dove lo devo mettere ? Avevo provato a mettere nella pagina scarica.php uno script all'onUnLoad che mi chiamava un'altra pagina php che mi serviva per cancellare il file PDF ma non funziona.
Inoltre avevo provato con header('$id') ma non mi apriva niente.

Penso che ti sto facendo ripetere le stesse cose + di una volta e per questo ti chiedo scusa ma non ci sto capendo molto.