Deprecated significa che bisogna evitare di usarli in quanto potrebbero non essere più supportati nelle release future.

Mi sa che ho sbagliato a postare io: devi invertire l'ordine dei parametri da passare al costruttore di GregorianCalendar. Il primo è l'anno, il secondo il mese ed il terzo il giorno.
Ho provato e funziona. Ecco l'esempio:
codice:
import java.util.*;

public class MiaData {
   public static void main(String [] a) {
      String data1 = "11/06/2005";
      String data2 = "25/05/2005";
      System.out.println( compData(data2, data1) );
   }

   public static int compData(String d1, String d2) {
      int day = Integer.parseInt(d1.substring(0,2));
      int month = Integer.parseInt(d1.substring(3,5));
      int year = Integer.parseInt(d1.substring(6,10));
      int day2 = Integer.parseInt(d2.substring(0,2));
      int month2 = Integer.parseInt(d2.substring(3,5));
      int year2 = Integer.parseInt(d2.substring(6,10));
      Date data1 = (new GregorianCalendar(year, month, day)).getTime();
      Date data2 = (new GregorianCalendar(year2, month2, day2)).getTime();
      return data1.compareTo(data2);
   }
}
Ciao.