Tramite JS e` possibile sia popolare una select, sia togliere delle opzioni.

La successione delle operazioni devi deciderla tu, in base al tuo progetto, per cui dovresti cercare di capire cosa vuoi che succeda.

Per popolare la select o togliere opzioni puoi vedere il reference DevGuru oppure gli esempi che ti ho indicato sopra.

Dato che non vedo come si possa "togliere le opzioni non presenti " (non c'e` nessun evento a cui associare l'azione), pensavo di inserire le opzioni quando selezioni le corrispondenti checkbox (puoi attivare all'evento onchange del chechbox).