ma allora la combo esiste già e si trova nella finestra che apre il popup?

Nella pagina dove hai la combo ci metti una funzioncina tipo questa
codice:
function AggiungiOption(valore, testo){
  var ss = document.NomeForm.NomeCombo
  var nuovoIndice = ss.options.length
  ss.options[nuovoIndice] = new Option(testo, valore);
  ss.options[nuovoIndice].selected = true;
}
e dalla popup la richiami così
codice:
window.opener.AggiungiOption('tuovalore','tuotesto');