Se stai su windows, durante l'installazione di tomcat dovresti aver avuto l'opportunità di dirgli dove il tuo jdk si trovasse... sulla versione che ho io, la 5.5.9 c'è un "Configure Tomcat" nella cartella dell'installazione che apre una piccola maschera di configurazione tra le cui tabs c'è pure quella di java. Controlla che non ci sia un equivalente anche nella tua versione.