Lo puoi fare con Quick Time Pro (che però è a pagamento).
Altrimenti potresti usare qualche apposito programmino, ma in rete di free non ho trovato nulla:

- MOV to AVI MPEG WMV Converter
- MPEG Joiner
- Movie Joiner

(tutti shareware)

Forse potresti trovare qualcosa...
Cerca su Google, usando join mov (o joiner).