Credo che la tua idea di "distruggere" il contenuto dei file prima di eliminarli sia valida.
Non mi e' chiaro se la stampa delle schede avviene via software oppure no.
Se tutto avviene via software allora puoi sfruttare il momento in cui sono aperti i file per leggere l'informazione che ti serve e subito eliminarla dal file.
Se invece devi creare un programmino adhoc che faccia questo, puoi aprire i file in write (scrittura in testa) e, invece di eliminarne il contenuto leggendo il file, scrivi su file solo il carattere nullo con CHR(0), evitando cosi di perdere troppo tempo a rimpiazzare il contenuto del file con gli spazi.
Saluti.