Se apri il file in write, cioe' aprendo il file in scrittura in testa, ponendo il puntatore del file all'inizio dello stasso, tutto quello che inserirai sara' inserito in testa al file e automaticamente tutto il contenuto verra' eliminato.
Puoi usare il seguente codice:

Sub EliminaContenuto()
Const ForReading = 1, ForWriting = 2, ForAppending = 3
Dim fs, f
Set fs = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
Set f = fs.OpenTextFile("c:\percorso_file\nome_file.txt", ForWriting,TristateFalse)
f.Write CHR(0)
f.Close
End Sub

Questa sub compie le seguenti operazioni:
1. apre il file "nome_file.txt" (che deve necessariamente esistere altrimenti ci sono problemi), in scrittura in testa;
2. scrive nel file il carattere nullo CHR(0)
3. chiude il file.

Dovrebbe funzionare.