Veramente è che non si capisce molto bene la domanda....

Il tipo di link dipende sempre da quello che vuoi fare....non esiste un tipo di link ottimale.

Se il tuo problema è la distribuzione del PR, nel primo caso, con una struttura "circolare" (tutte le pagine linkate tra loro) la distribuzione è uniforme, mentre nel secondo caso la distribuzione avverrà a livelli (le pagine linkate alla home avranno più PR di quelle linkate ad un livello più basso).

In ogni caso il PR non si "perde" (non è un liquido che passa da una parte all'altra), ma si "distribuisce".