La domanda e` interessante, ed e` stata posta piu` volte in passato, ora da un po' non la vedo piu`.
La risposta e` semplice dal punto di vista concettuale, ma un po' complessa (non difficile) nella realizzazione.
Basta che fai una funzione che ti fa allineare i "bordi" (chiamo cosi` i frame di contorno al principale) al contenuto.
In pratica: quando cambi pagina al frame principale (quindi sull'onload del documento contenuto), fai partire una funzione che controlla se i frame di contorno sono allineati e nel caso li allinea.
La funzione puo` essere nella pagina principale o nei singoli bordi.
PS: lo sai vero che i frame sono obsoleti e non previsti dalle ultime formulazioni degli standard?