Devi appoggiarti ad una banca o una società che offra servizi di pagamento online. Io uso Banca Sella che mi pare molto affidabile col sistema GestPay (che tra l'altro è strutturato molto bene). Paghi a Banca Sella un canone mensile che se non ricordo male per la versione più estesa del sistema è sui 18 euro al mese, e per quella base sui 7 euro. Puoi scegliere il sistema di comunicazione sicura che preferisci: tramite una serie di One Time Password, tramite un metodo di crittatura sicura ed un altro che ora non ricordo. Io preferisco il metodo di crittatura, dà più libertà a chi deve gestire il sito. Per la crittatura forniscono loro una classe Java (della quale distribuiscono anche il codice sorgente come garanzia di sicurezza) che implementa l'algoritmo di codifica; dal sito di Banca Sella, registrandosi gratuitamente, è possibile scaricare tutta la documentazione in italiano sul sistema e anche qualche esempio di interfacciamento alla classe Java di crittazione tramite PHP.