Non devi aggiungere testualmente quello che ti ha detto whiteduke... ho visto che nel tuo CSS hai scritto:

codice:
#container {
  ...
  height: auto !important; e min-height: 100%; 
}
invece devi mettere:
codice:
#container {
  ...
  height: auto !important;
  min-height: 100%; 
}
Considera però che min-height in internet explorer non funziona. Secondo me dovrebbe comunque bastare height:auto a risolvere il problema.