nn ho letto il 3d ma immagino un pò la cosa.. l'md5 è un algoritmo che converte una stringa variabile in una fissa "criptata" di 32 bit.. solitamente è il metodo più usato in forum e co. per salvare sul db pass e codici segreti..

Riguardo a js ed md5 posso immaginare che viaggiando in chiero le password dalla pagina di registrazione del tizio al tuo server criptarla prima di spedirla ti garantisce che se qualcuno sta sniffando il traffico del tuo futuro utente, quest'ultimo nn rischia niente xkè la pass è "sicurata", altra soluzione è un protocolla ad hoc come https che cripta i dati..