Beh.. per l'icona non so proprio cosa fare! Se vuoi un comando che quando lo lanci fa tutto lui allora si!
Apri il terminale e scrivi:
codice:
cd /bin
pico nome_comando_che_vuoi_creare

# !/bin/bash
cd /Volumes/Pippo/cutter
java -classpath .: cutter.jar Cutter 
# End
[ctrl+o per salvare e ctrl+x per chiudere pico]
codice:
chmod 777 nome_comando_che_hai_creato
Adesso basta che da terminale scrivi il nome del comando che hai appena creato e ti fa quello c'hai scritto dentro.