Per prima cosa, dato che hai un JFrame è ragionevole utilizzare il metodo setJMenuBar() per aggiungere una barra dei menu: questo metodo ti consente di avere a disposizione tutti gli elementi del BorderLayout, senza utilizzare il NORTH e delegare al JFrame stesso tutte le operazioni di Lay out della barra di menu.

Seconda cosa: dovresti postare un po' di codice perchè così su due piedi è un po' difficile capire come mai le dimensioni non rispettino quelle da te indicate. L'esperienza mi induce a pensare che tu abbia utilizzato il metodo pack(), il quale se ne frega altamente delle dimensioni che hai impostato per la finestra e ridimensiona quest'ultima in modo da occupare il minor spazio possibile a video (un metodo più inutile di questo è veramente difficile trovarlo, a mio avviso...)


Ciao.