Ti consiglio di usare eclipse più leggero e più ordinato. Comunque non spaventarti di usare più package.
Suddividi le classe del tuo progetto in più package raggruppandole per funzioni comuni, esempio in una package Gui metterai le classi inerenti alla grafica, in un package IO protrai mettere quelle che gestiscono la connessione ai file e così via.