Ho fatto altre prove...se alla checkbox non associo l'id del record, nell'array, invece di ripetersi l'id del record selezionato, mi compare un "on"..
Ho provato a risolvere in questo modo:
codice:
String deleteArray[] = request.getParameterValues("select");
String selected="";
for(int i = 0; i < deleteArray.length; i++){
  if(deleteArray[i].equals("on")) {
     selected = deleteArray[i-1];
  } else {
      selected += "," + deleteArray;
  }
 }
}
Che ne pensate?