Penso di aver risolto in questo modo:


Ultina parte primo file
Codice PHP:
$pdf=new PDF();
$pdf->Open();
$pdf->AddPage();
$pdf->Table("SELECT * FROM iscritti, liste 
INNER JOIN affluenza ON affluenza.sez=iscritti.sez
INNER JOIN voti_lista ON voti_lista.sez=iscritti.sez
WHERE affluenza.sez >= '
$_POST[sez]' and affluenza.sez <= '$_POST[sez2]' order by affluenza.sez");
$pdf->Output(); 

Ultima parte secondo file

Codice PHP:
function Table($query)
{

    
//errore query
    
$res=mysql_query($query) or die('Error: '.mysql_error()."
Query: 
$query");
                while(
$row=mysql_fetch_array($res))
                {
        
$this->Row($row);
        
$this->AddPage();
                }

Dico forse perchè non sono sicuro che sia il metodo migliore.
Inoltre ho il problema che alla fine mi stampa una pagina vuota
con HEADER e FOOTER