Penso di aver risolto in questo modo:
Ultina parte primo file
	Codice PHP:
	
$pdf=new PDF();
$pdf->Open();
$pdf->AddPage();
$pdf->Table("SELECT * FROM iscritti, liste 
INNER JOIN affluenza ON affluenza.sez=iscritti.sez
INNER JOIN voti_lista ON voti_lista.sez=iscritti.sez
WHERE affluenza.sez >= '$_POST[sez]' and affluenza.sez <= '$_POST[sez2]' order by affluenza.sez");
$pdf->Output(); 
 
Ultima parte secondo file
	Codice PHP:
	
function Table($query)
{
    //errore query
    $res=mysql_query($query) or die('Error: '.mysql_error()."
Query: $query");
                while($row=mysql_fetch_array($res))
                {
        $this->Row($row);
        $this->AddPage();
                }
} 
 
Dico forse perchè non sono sicuro che sia il metodo migliore.
Inoltre ho il problema che alla fine mi stampa una pagina vuota
con HEADER e FOOTER