il metodo setContent della classe Messagge riceve due parametri che sono il contenuto del messaggio (oggeto di tipo object, generalmente la stringa da visualizzare nella mail) e la modalità di visualizzazione (tipologia del messaggio).
Quindi ad esempio
codice:
messaggio.setContent("This is a test", "text/html");
mostrerà nella mail una scritta 'This is a text' in grassetto.
Se invece mettessi "text/plan" come secondo parametro nella mail comparirebbe la scritta This is a test.

Sul perchè da te l'impostazione del content-type non funziona non so.
Mi viene da pensare che il server smtp che utilizzi non supporti il content di tipo html e di default metta tutto su testo.