Diciamo che i modi di procedere sono due ed uno dei due si divide in altri due.

Il primo prevede che tu costruisca la pagina base in html senza tenere conto del fatto che poi la pagina sarà in php. Una volta fatto questo inserirai all'interno della pagina il codice per gestire il sito:

nella parte che prevedi contenga il path (dove sei: Home / pagina / sezione) inserisci il codice per visualizzare il path, nella parte che contiene il menu inserisci il codice per il menu, nella prta edei contenuti il codice per i contenuti.

Questo va bene all'inizio e con piccoli siti che non richiedono grande manutenzione.

Altro modo di procedere, più professionale, ordinato e facile da gestire, soprattutto per progetti dove ognuno ha il suo compito (il grafico fa il grafico, il programmatore il programmatore), invece, si è soliti slegare la grafica, il layout, dai contenuti.

Ed ecco che quindi ci si divide in due: c'è chi preferisce utilizzare un template engine (come fanno molti CMS) come per esempio smarty, considerato il più veloce; c'è chi invece continua a gestire il tutto ijn php senza utilizzare il template engine. Sostanzialmente i due modi di operare sono molto simili.

Sicuramente il secondo metodo è molto più efficiente del primo perchè di permette di gestire meglio il sito in caso di restyling della grafica o di correzione del codice.

Se sei proprio alle prime armi io ti consiglio di partire facendo prima un po' di pratica con il primo metodo e poi di cominciare a studiare un template engine. Con la pratica, poi, potresti anche decidere di non usare un template engine o addirittura di scrivertene uno personalizzato.