credo di aver risolto così:

passo nella creazione il numero del thread con l'indice del for

//creazione dei processi pallina
for(int i =0;i<npalline;i++)
{
pall[w] = new Pallina(server,i);
pall[w].start();
w++;
}

e nel codice del thread lo recupero così

public Pallina(GestoreProcessi server, int x)
{
this.server = server;
numeropallina = x;
}

adesso in numeropallina dovrei avere il numero progressivo del thread.

cosa ne pensi?