1.
La risposta a 1. e` gia` compresa nella domanda 2.
Essendo lato server non ha effetti sulla pagina lato client (purche` la pagina generata sia corretta).

Quello che si puo` fare in ASP o in PHP si puo` fare anche con i CGI in Perl; il viceversa non vale (se non ci sono sviluppi recenti in questi linguaggi).

PHP e` derivato dal Perl, per cui e` molto piu` somigliante rispetto ad ASP.
ModPerl e` una versione piu` recente di Perl: cerca nel forum per ulteriori chiarimenti.

2.
Dipende se il sistema operativo e` windows o unix/linux.
Per windows l'interprete dello script viene chiamato in base alla estensione del file, in unix, in base a quanto scritto nella prima riga.

3.
Non so esattamente (shishii o altri sono molto piu` esperti di me). Pero` se vai sul sito di shishii o fai una ricerca nel forum trovi la risposta gia` pronta.