prova a cambiare la tua query..... la prima.
codice:
$tutte = "SELECT count(*) FROM visite"; 
 $query1 = mysql_query ($tutte,$connessione) 
 or die ("Non riesco ad eseguire la richiesta $query1".mysql_error ()); 
 $tutte = mysql_fetch_row($query1);
 echo "Totale delle pagine visitate: $tutte[0]
";

 $refer = "SELECT * FROM visite GROUP BY refer"; 
 $query_refer = mysql_query ($refer,$connessione) 
 or die ("Non riesco ad eseguire la richiesta $refer".mysql_error()); 
 $num_refer = mysql_num_rows($query_refer);
 echo "Totale delle pagine visitate: $num_refer
";
 
 while ($valori = mysql_fetch_array ($query_refer))
 {
  echo "$refer";
 }
Prova...