per quanto riguarda la toolbar la puoi impostare a piacimento aprendo il file fckconfig.js
cerca questa linea //## Toolbar Buttons Sets e di seguito troverai le impostazioni della barra.
mentre nel file fckeditor.js troverai questa riga
codice:
this.ToolbarSet = toolbarSet || 'Default' ;
dove setta la toolbar con i valori di quella di Default, cambiala come preferisci, con il nome della toolbar che hai creato nel file di configurazione.

invece per quanto riguarda gli upload non so aiutarti, perché io mi sono costruito uno script ad-hoc attraverso il php. Quindi quello integrato nel fckeditor non so come funziona, mi dispiace.