Ho provato a modificare questo parametro come da te suggerito:

<script type="text/javascript">
<!--
closetime=0;

function Start(URL){
windowprops=" directories=no,location=no,menubar=no,re
sizable=no,scrollbars=no,status=no,toolb
ar=no,width=700,height=350,left=50,scree
nX=50,top=150,screenY=150";
preview=window.open(URL,"popWin2 ",windowprops);
if (closetime) setTimeout("preview.close();", closetime*1000);
}

function popupWin(){
url="mail.htm"
delay=0;
timer = setTimeout("Start(url)", delay*1000);
window.status="Invia subito la tua email alla diretta!";
}
//-->
</script>


<a href="java scriptopupWin();">

Ma nulla, allora ho prvato così:

<script type="text/javascript">
<!--
closetime=0;

function Start(URL){
windowprops=" directories=no,location=no,menubar=no,re
sizable=no,scrollbars=no,status=no,toolb
ar=no,width=700,height=350,left=50,scree
nX=50,top=150,screenY=150";
preview=window.open(URL,"popWin",windowprops);
if (closetime) setTimeout("preview.close();", closetime*1000);
}

function popupWin2 (){
url="mail.htm"
delay=0;
timer = setTimeout("Start(url)", delay*1000);
window.status="Invia subito la tua email alla diretta!";
}
//-->
</script>



<a href="java script:popupWin2 ();">
e funziona.

L'incoveniente però è che entrambi i pop-up sfruttano le dimensioni predefinite del primo che si trova in codice, quindi il secondo rimane sformato.