If File.Exists(Path.Combine(Dir, nomeFile)) Then Return Dir

questa riga effettua il controllo se il nome del file esiste all'interno della cartella, ed è l'unica quindi ti basta modificarla in:

If File.Exists(Path.Combine(Dir, nomeFile)) Then
'chiedi conferma
if risposta = MsgBoxResult.Yes then Return Dir
End If