Adesso ti sei spiegato!

La cosa e` piuttosto complessa.
Se e` per non-sostituire gli a che stanno vicino ad un <, la cosa e` facile, se invece devi non-sostituire anche gli a che stanno in <frame ...> o <span ...> la cosa non si fa con una semplice RegExp, ma occorre fare uno studio piu` accurato.

Comunque per il primo caso:
str = str.replace(/[^\<](a)/ig, "<span class='uu'>$1</span>");