gli include in PHP generano dei link normali come quelli messi a mano quindi Google non fa questioni....

l'altra strada sarebbe usare gli SSI....

i frame sono assolutamente da evitare, tempo fa si diceva che Google li legge ed in effetti è così però fa anche molte questioni sulle dimensioni dei frame e a volte può considerarli come strumenti di spamming e penalizzare il sito....