Non ho alcuna idea dello strumento che stai utilizzando, ma provo a buttarla lì: sei certo che non esista un metodo che faccia avanzare il "cursore virtuale" che definisce la tua posizione nel file? magari, se quel metodo non viene chiamato, il cursore non si sposta e quindi Eof vale sempre False.

Tieni comunque a mente ciò che ho detto all'inizio...