Ci provo :-) se tu vuoi prendere un JAR a runtime quindi dopo lo start dell'applicazione credo che dovresti usare questa classe java.util.jar.JarFile
e i metodi getInputStream(ZipEntry ze) e getEntry(String name) per prelevare le risorse

Ora se io ho capito bene e tu hai scelto questa strada mi verrebbe da dire di inserire tutto il progetto compreso le risorse in un unico jar.

Se non ho capito il problema ignora il mio msg


Ciao