collega i due dischi, uno come master e l'altro come slave (oppure uno sul primo controller e l'altro sul secondo - master o slave fa lo stesso). Poi installi win sul primo (master o sul primo controller) poi linux sull'altro HD. Quando te lo chiede fagli fare il floppy di boot ed installa il bootloader di Linux (LILO) nell'MBR del primo disco.

Automaticamente, al riavvio, dovrebbe comparirti il menù di LILO da cui scegliere se avviare Linux o Win. Se non ti inserisce Win lo si può poi mettere a mano