devi pagare solo per la licenza mysql nel caso tu intenda integrare nel tuo pacchetto software anche una versione di mysql.

Se tu sviluppi un software in php e richiedi come requisito un installazione funzionante di php-mysql allora non devi pagare nulla.

Se devi cominciare da zero puoi dare un occhio anche a postgres che è un prodotto migliore e totalmente opensource.

ciao