Ciao,

puoi usare MSSQL anche con PHP, molti provider americani supportano PHP anche su Windows. Mentre se il server è tuo potresti acquistare Zend Win Enabler per aver ele performance migliori.

In alternativa potresti rendere il database MSSQL accessibile alle query provenienti dall'esterno e far girare solo PHP su macchina Linux (e interrogare il db che sta su WIN).

Detto questo forse esistono dei tool che ti permetto di migrare da un db all'altro...ma se dovessi fare tutto "a mano" io farei così.

Esporterei ogni tabella in formato csv e poi importerei i file uno ad uno in MySQL, dopo aver ricreato la struttura delle tabelle.
MySQL supporta le relazioni solo se utilizzi le tabelle InnoDB, se usi il metodo che ti ho detto dovrai ricostruirle da 0.