$upload_dir = $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]

equivale alla tua root. A cui devi aggiungere "sito1/immagini/";

$upload_dir = $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."sito1/immagini/";

echo $upload_dir;

e vedi se e' corretto. al limite potra' mancarti lo slash prima di sito1, dipende se c'e' o meno lo slash finale nella documentRoot descritta in apache.