prova così:

codice:
function f1(v){
 if(v=="A" || v=="B" || v=="C" || v=="D") alert("Hai selezionato un valore non valido.");
}

function f2(f){
 var v=f.Fuori_Sede.options[f.Fuori_Sede.selectedIndex].value;
 var q=f.Note_Fuori_Sede.value;
 if(v!="A" && v!="B" && v!="C" && v!="D" && q=="Nessuna"){
  alert("Immettere un valore nel campo 'Note fuori sede'.");
  return false;
 }
 return true;
}
da usare così:

codice:
<select name="Fuori_Sede" onchange="f1(this.options[this.selectedIndex].value);">
e

codice:
<form name="tuoform" onsubmit="return f2(this);" ...>
ciao