beh ti basta lanciare prima

http://it2.php.net/glob

su *.*

e salvi l'array in una variabile

poi

http://it2.php.net/glob (passando xo il parametri GLOB_BRACE tra i flags)

su *.{ext1,ext2,ext3}

e salvi l'array in una variabile

dopo di che lanci un bel

http://it2.php.net/manual/it/function.array-diff.php

in questo modo

$filesDaCancellare = array_diff($filesDaNonCancellare, $filesTutti);

e poi nel foreach al posto del glob metti $filesDaCancellare facendo quindi

foreach ($filesDaCancellare as $filename) {
unlink($filename);
}

(ovviamente provalo prima xche è sempre meglio ^^)