Quando lavori tramite il php su files e cartelle, cioè creazione, modifica ed eliminazione, questi file devono avere il CHMOD come minimo impostato su 666, se non su 777.
Tratto da Php.net
bool chmod ( string filename, int mode )


Tenta di cambiare le impostazioni del file filename in quelle date in mode.

Il parametro mode consiste in tre numeri ottali costituenti le restrizioni dell'accesso per il proprietario, il gruppo utente a cui appartiene il proprietario, e gli altri utenti, nell'ordine dato. Ciascun numero può essere calcolato aggiungendo i permessi al valore base per l'utente. Il numero 1 indica che si abilita all'esecuzione del file, con il numero 2 si assegnano i diritti di scrittura, con il numero 4 si assegna il permesso di lettura del file. Aggiungere questi numeri per ottenere i diritti richiesti.
Se poi sommi 1+2+4=7 eccoti che tutti hanno la possibilità di eseguire, scrivere e leggere il file.

Questi sono i permessi.