Servirebbe magari qualche dettaglio in più...
Quante cartelle sono ? quanti MB o GB sono ? dove vuoi fare il backup, su un altro HD, su cassetta DAT, su DVD...? hai soldi da spendere (HP o Veritas hanno soluzioni storage eccezionali) o cerchi qualcosa magari free ?

In quest'ultimo caso ti consiglio Cobian Backup, freeware, molto completo e davvero buono

http://www.educ.umu.se/~cobian/cobianbackup.htm