basta che al termine dell'upload nelal popup metti una cosa del genere:

il nome del file uploadato (nomefile) lo metti in un campo di testo che sta nel form della pagina principale che ha aperto la popup in questo modo:

response.write "<SCRIPT>opener.nome_form.nome_campo.value='"&nome file&"'<SCRIPT>"

x chiudere la popup:

response.write "<SCRIPT>self.close()</SCRIPT>"