terminato il tempo potresti far terminare il conteggio bloccando il clock del contatore ( una semplice or in cui in ingresso metti il clock e e un segnale che indica che il conteggio è terminato, l'uscita rimarrebbe sempre alta e il contatore si fermerebbe) o resettando il flip-flop ( ma bisogna vedere cosa fa il tuo segnale d'impulso...).